Se eu fizer a pergunta correta, você deseja que o conteúdo de uma pasta seja excluído na inicialização. O script poderia ser assim:
#!/bin/bash
folder=/your/folder/here
rm -r "$folder"/*
Para usá-lo, você só muda a segunda linha: replace / your / folder / here com a pasta que você quer limpar. Em seguida, copie / cole em um arquivo de texto vazio (não usando algo como o libreoffice ou o Open Office, mas com algo como o gedit). Salve como qualquer coisa que você quiser.sh. Clique com o botão direito, vá em "Propriedades" - > "Permissões" e marque a caixa para torná-lo executável.
Existem muitas opções para executá-lo na inicialização do sistema. Deve haver até mesmo uma ferramenta gráfica no Ubuntu para permitir que o material seja executado no login, que pode ser mais fácil se você não precisar dele antes.