Isso acontece porque esses programas não usam o GTK +. Quando alguém diz que um programa é nativo, significa que ele foi desenvolvido seguindo um conjunto de regras de desenvolvimento de software em um sistema operacional.
Dolphin: É o gerenciador de arquivos do KDE e usa Qt (o KDE é baseado no framework Qt, então todos os programas feitos com o Qt vão parecer nativos no KDE) ao invés do GTK + o toolkit de widget padrão do Ubuntu e Lubuntu.
VLC: Este media player também usa o Qt.
Skype (para Linux): Este programa também usa o Qt.
Isso significa que esses programas nunca parecerão nativos no Lubuntu, porque eles não usam o GTK em suas interfaces.
Portanto, para alterar a fonte desses programas, será necessário usar outro programa que seja usado para modificar as interfaces do Qt.