Acabei de ter o mesmo problema que você e até criei um relatório de erros no link .
Você pode ver se o culpado é o PulseAudio por não usá-lo e apenas usar o ALSA com arecord .
Teste arecord test na CLI, pressione ctrl + c para parar a gravação. Em seguida, reproduza com aplay test e veja se o estalo está presente.
Eu apenas fiz isso e mudei meu /etc/modprobe.d/alsa-base.conf de options snd-hda-intel position_fix=1 para options snd-hda-intel position_fix=2 , reiniciei e fiz o arecord e agora tenho áudio claro.