Eu tive o mesmo problema e resolvi-o, mas infelizmente não da maneira bonita (ou seja, eu não sabia, o que estou fazendo).
Primeiro eu fiz o que você fez e, em seguida, segui neste site copy help forum
as instruções do usuário "janeiro Weiner".
Não faço ideia, mas talvez esse tenha sido o ponto crucial:
cd ~/.copy
echo 'UPDATE config2 SET value=0 WHERE option="csmBlackWhiteIconsV2" ;' | sqlite3 config.db
echo 'UPDATE config2 SET value=0 WHERE option="csmGlobalSync" ;' | sqlite3 config.db
echo 'UPDATE config2 SET value=0 WHERE option="csmAppIndicatorAvailable" ;' | sqlite3 config.db