Ambos se comportarão muito bem. Claro, você precisa instalar os drivers proprietários para a placa de vídeo AMD. A Intel deve obter suporte fora da caixa. Ainda assim, gostaria de convidar você para tentar as perguntas que ajudarão você ainda mais longe:
Quais ATI / AMD, ou Intel ou NVIDIA Graphics for Unity?
(Maneira simples de permitir que os usuários saibam qual deles obter)
Bumblebee ou Ironhide?
(Caso você tenha um laptop com 2 placas de vídeo integradas)
Como faço para instalar os drivers da Nvidia?
(Resposta extensa que abrange muitos aspectos das placas de vídeo)
Se você quiser saber qual deles oferece menos problemas (Comparando Nvidia e AMD apenas) ao instalar, atualizar, alterar opções (resolução, taxa de atualização, recursos do OpenGL) e configurá-lo em geral, eu gostaria de ir primeiro com a Nvidia , então Ati.
Embora a Ati seja mais aberta ao ambiente Open Source, a Nvidia com seu driver proprietário faz um ótimo trabalho ao diminuir a quantidade de trabalho que um usuário precisa para instalar um. Para muitos usuários, pode ser tão simples quanto instalar os drivers proprietários que vêm nos repositórios do Ubuntu. Para outros, é tão fácil quanto adicionar um PPA e instalar o driver correto. O mesmo se aplica à Ati, mas a Nvidia (da minha experiência) teve e provou oferecer uma maneira melhor de lidar com instalações, configurações e até fez um ótimo trabalho na caça de bugs.