Eu os recomendo na seguinte ordem, de acordo com os problemas encontrados, como a experiência "fora da caixa" é sentida para os usuários finais, como ela é compatível e como se sentirá depois de configurada:
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Intel - Funciona de imediato PERFECT. A maioria, se não todos, funcionará sem problemas. Ótimo para usar um Video Beam ou outra saída de vídeo. Basta ligar e pronto. É bom também. Claro que o benefício está relacionado com a rapidez com que a placa Intel é. Eu não recomendaria um antigo 440 da Intel para versões Core 2 Duo e versões mais recentes. Em geral, você não deve ter nenhum problema com eles.
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NVIDIA - Ótimo desempenho com o Unity. Ele funciona fora da caixa para a maioria das placas Nvidia usando Nouveau e se você instalar o fácil de instalar drivers proprietários ele vai se sentir perfeito. Tem pequenos problemas que podem ser resolvidos rapidamente se você tiver alguns cartões com pequenos detalhes (o que também pode ser resolvido se você atualizar o 12.04 com as atualizações mais recentes). A maioria das cartas funciona bem com o Unity. Eu testei cartões a partir de uma Geforce 4600 TI 128MB até um 560 TI de 1GB.
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ATI - também excelente desempenho com o Unity. Ele funciona fora da caixa, embora não mais como mencionado com a Nvidia. Se você instalar os drivers proprietários você terá um bom salto no desempenho, mas novamente, isso não é tão geralmente mencionado como Nvidia. Minha curiosidade é que a ATI é mais aberta ao ambiente de código aberto do que a Nvidia e ainda tem um pouco mais de problemas com vídeo.
Então, em geral, se eu tivesse três laptops para escolher e todos fossem iguais, com exceção da placa de vídeo, eu definitivamente escolheria a Intel na Nvidia e a Nvidia na Ati.
No caso de 3 computadores desktop que são os mesmos, exceto pela placa de vídeo, eu escolheria a Nvidia na Intel e a Intel na Ati.
Isto é apenas a partir de vários anos de experiências boas, neutras e ruins.
Para casos em que você tem 2 placas de vídeo integradas (Nvidia e Intel ou Ati e Intel). O benefício de desempenho não é tão importante quanto quão bem as placas de vídeo se comportam em situações de baixo consumo de energia e altas temperaturas. Para obter informações sobre isso, eu sempre indico Bumblebee or Ironhide?
Em geral, o Ubuntu funcionará sem problemas ou pelo menos com um mínimo de ajustes. O ganho de desempenho nos últimos meses para todos os três tipos de placa de vídeo e a quantidade de correções que receberam nos permitem saber que haverá menos problemas para cada nova versão do Ubuntu.