Isso ocorre porque a clonagem é usada para criar o diretório, configurá-lo para uso com git
e copiar os arquivos para ele. Como você já tem arquivos nesse diretório, pode ser insensato substituir algo nele que você possa ter colocado em horas de trabalho, por isso não permitirá isso.
Você tem duas opções:
Atualizando para os arquivos mais recentes
cd repository-name
git pull
Reiniciando do zero
rm -rf repository-name
git clone https://github.com/username/repository-name