Se você quiser fazer isso muito bem (ou seja, realmente não montar os discos em vez de montá-los em algum lugar estranho), isso é um pouco mais complicado do que o sugerido na outra resposta. O melhor guia a seguir é:
Esconda seus discos ou partições do Nautilus
Eu segui o guia no outro dia e funcionou bem. Essencialmente você cria um arquivo /etc/udev/rules.d/99-hide-disks.rules
no qual você coloca a linha
KERNEL=="sda1", ENV{UDISKS_PRESENTATION_HIDE}="1"
onde sda1 é o nome da partição que você deseja ocultar. Em alguns sistemas ( 12.10? ) também pode ser
KERNEL=="sda1", ENV{UDISKS_IGNORE}="1"
Então você reinicia.