Primeiro configure a máquina virtual (VM) e baixe um arquivo ISO adequado da página de download do Ubuntu . Pessoalmente, eu recomendaria ficar com uma versão LTS, neste caso o Ubuntu 12.04. Monte o arquivo ISO como o disco ótico da VM e instale a partir daí.
Inicialize a nova VM, faça o login, abra um terminal e digite:
sudo apt-get install build-essential
Isso irá configurar as coisas básicas que você precisa para poder compilar e construir pacotes no Ubuntu.
Em seguida, instale o Eclipse de um arquivo baixado ou (ainda mais fácil) de o pacote .
Você perguntou sobre o Eclipse, mas talvez também queira dar uma chance ao NetBeans IDE , que também oferece uma plataforma cruzada semelhante Experiência IDE.