(Pedi a pessoas mais experientes que olhassem para essa questão, mas aqui está minha resposta rápida do kneejerk que pode ou não ser a resposta correta.)
Juju não faz realmente o que você quer aqui, é a ferramenta errada para o trabalho. O Juju é para implementar em nuvens, não é realmente projetado para você ser capaz de mexer com máquinas clientes individuais.
Sua idéia sobre o .deb customizado parece uma idéia melhor, entretanto esse tipo de "eu preciso desses pacotes instalados nessas máquinas e então eu quero configurá-los desta maneira" parece mais um caso de uso para fantoche ou chef.
Você pode instalar os pacotes stock mysql e então fazer todas as coisas do seu banco de dados como scripts. Se você tivesse um mysql customizado, você acabaria tendo que manter esses debs ao longo do tempo.
Dada a quantidade de trabalho que está sendo colocada em atualizações de segurança e manutenção, você provavelmente é melhor usar os pacotes de estoque e chef / puppeting para suas necessidades pós-instalação do que manter seus próprios debs personalizados. Não sei quais são suas exigências, apenas algo em que pensar.