Quando tiver o arquivo jar, você poderá executá-lo:
1) Na linha de comando com java -jar ./jchempaint-3.3-1210.jar
.
2) Ou através de um arquivo jchempaint.desktop, que você pode colocar em /usr/share/applications
para que ele apareça no Dash e possa ser bloqueado no Launcher.
O arquivo .desktop seria parecido com
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=JChemPaint
Comment=Chemistry 2D Modeler
Exec=java -jar path/to/install/folder/jchempaint-3.3-1210.jar
Icon=/path/to/icon.png
Terminal=false
Categories=Science