Aqui está o que eu descobri ... Se você abrir o Pidgin > Ferramentas > plugins, certifique-se de que "libnotify popups 0.14" esteja marcado. Desmarcar remove o pidgin do menu de mensagens.
Se você quiser parar os pop-ups, configure o plug-in destacando o plug-in e clicando em "configure plugin" e desmarque as caixas pelos pop-ups que você não deseja.