Não compartilhe o sistema de arquivos, use um sistema de versão de código-fonte sã, como git ou subversion. Porque você deveria ter isso de qualquer maneira, mesmo que você mesmo trabalhe em sua fonte. É um problema compartilhar projetos com versões diferentes do Eclipse ou de qualquer IDE como está, portanto, fazer isso entre dois sistemas operacionais com sintaxe e semântica diferentes só deixaria você insano. Estive lá, tentei isso.