Quais métodos você já tentou remover?
Um arquivo deve ser sempre removível, removendo-o como root no terminal com 'sudo rm', então no seu caso
sudo rm /usr/lib/ruby/1.9.1/rdoc/generator/template/darkfish/js/thickbox-compressed.js
Isso solicitará sua senha e, em seguida, o arquivo será removido
Se isso não funcionar, algumas coisas definitivamente são estranhas