Em geral: as coisas que residem em ~/.local/ em um subdiretório pertencem ao software ao qual o diretório recebeu o nome. file_db_data pertence a akonadi , portanto, excluir o arquivo afetará akonadi . Se você não se importa mais com isso, é seguro excluir o arquivo e o diretório.
Isto:
sudo apt-get remove --purge kmail akonadi-server
também deve remover esse diretório e o arquivo. Não irá apagar o krusader.