Deja-dup é um front-end para duplicidade. Um backup interrompido (criptografado ou não) pode ser retomado sem começar tudo de novo, você só perde o progresso do último pedaço / fatia da cadeia de backup. Por padrão, em fatias de deja-dup são de cerca de 50M, portanto, não muito de uma perda. De qualquer forma, se você tem tantos dados para backup, sugiro usar uma ferramenta de linha de comando com mais opções e flexibilidade (dar, rdiff-backup ou talvez a própria duplicidade)