Sim, é possível - recebi a resposta graças a este post: Aplicativo iniciado em shell automaticamente "sempre no topo "/ Desktop / Xfce Fóruns ; pode-se usar wmctrl para isso.
Primeiro, no terminal, use wmctrl para obter uma listagem das janelas atualmente ativas:
$ wmctrl -l
0x01a00003 -1 mypc Bottom Expanded Edge Panel
0x01a00036 -1 mypc Top Expanded Edge Panel
0x01200023 -1 mypc x-nautilus-desktop
0x042000e1 1 mypc Mozilla Firefox
0x03400024 0 mypc Terminal
0x032000f2 -1 mypc 2013-03-29
O "2013-03-29" é o título da minha janela stickynotes note; então pode-se apenas executar este comando, a fim de forçar essa janela de nota particular a ficar no topo:
wmctrl -i -r 0x032000f2 -b toggle,above
Observe o uso da opção -i para " Interpretar os argumentos da janela (< WIN >) como um valor numérico em vez de um nome de string para a janela. ". Além disso, isso alterna a propriedade "always on top" para a janela; então se você quiser desligar o "always on top" - simplesmente execute o mesmo comando acima novamente.
Observe que se stickynotes estiver configurado para "Colocar notas em todos os espaços de trabalho"; então a configuração "sempre no topo" será válida para todos os espaços de trabalho (embora você tenha que clicar em outras janelas primeiro, para que a janela "entenda", ela deve estar "sempre no topo").