Os cartões Nvidia usam suas próprias configurações de exibição quando você instala os drivers proprietários. Tente mudar a resolução no Nvidia Settings Manager, abrindo o traço Unity e digitando "nvidia". O Gerenciador de configurações deve ser a primeira coisa que aparece.
De lá, vá para "X Server Display Settings" e altere a resolução para a resolução nativa da sua tela, depois clique em "Apply" para testá-la. Sua tela vai piscar e saltar um pouco como tudo se ajusta, mas se tudo correr bem, você deve ter sua área de trabalho com a resolução adequada. Certifique-se de confirmar essa configuração na caixa de diálogo que aparece, para que ela não seja revertida automaticamente.
Por fim, clique em "Write to configuration" para tornar as alterações permanentes. Ele provavelmente solicitará sua senha, pois a gravação na configuração de vídeo requer sudo.