sudo sfdisk -d /dev/sda | sudo sfdisk --force /dev/sdb
deve corrigir a 'permissão negada'. A segunda parte precisa estar com as permissões corretas também (o pipe cancela o sudo anterior.
O comentário sobre o aviso: este aviso só deve ser relevante se você tiver algum sistema operacional antigo instalado ao lado do Ubuntu que se preocupa com os limites do cilindro.