Não sei por que você quer ou precisa remover o antigo skype para instalar o novo, mas, de qualquer forma, o problema que você tem aqui não tem nada a ver com o Skype. Sua instalação de virtualbox está de alguma forma quebrada, e isso está quebrando o sistema de empacotamento.
Você precisa corrigir o problema da caixa virtual primeiro. Se você não está usando o VirtualBox, o mais fácil é removê-lo:
$ sudo apt-get remove virtualbox
Caso contrário, tente forçar uma reinstalação para executar novamente os scripts de pós-instalação:
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install --reinstall virtualbox
Isso deve limpar o virtualbox.
Depois disso, você pode remover o skype, se necessário, da maneira que estava tentando antes.