Isso é planejado para o futuro mas atualmente o Ubuntu One não tem esse recurso.
No entanto, você deve ser capaz de fazer o seu próprio controle de versão (através de bzr , git e sincronize com as pastas de controle de versão ao lado dos outros arquivos sincronizados.Em uma pasta que é controlada pela versão usando bzr, todas as informações de controle de versão são mantidas no arquivo. pasta bzr dentro da pasta pai, desde que isso seja sincronizado, as informações de controle de versão devem ser sincronizadas.
Eu não tentei isso sozinho, mas é provavelmente a melhor solução até que o controle de versão seja implementado como parte do Ubuntu One.