Se você acabou de fazer o backup de sua pasta pessoal, tudo bem. Considere que você pode ter ambientes Ubuntu e Lubuntu na mesma máquina e pode alternar entre eles.
Especialmente desde que você esteja considerando 12.04 versões de ambos. Eu acredito que você vai ficar bem.
Dito isto, para um backup único para fins de troca de versões do Ubuntu, acho que você tem duas opções melhores: 1) simplesmente copie seus arquivos para um drive USB e copie-os de volta. 2) Use o suporte do instalador do Lubuntu para manter / home, mas substituindo todo o resto (o instalador do Ubuntu faz isso, acredito que o Lubuntu também faz isso).