A sintaxe de glob ( * ) não funciona para seqüências de imagens. Você deve usar %d para indicar onde procurar o número (supondo que sua sequência de imagens esteja numerada, caso contrário, não funcionará).
Além disso, você pode especificar uma taxa de quadros de saída com -r
ffmpeg -f image2 -i img%d.jpg -r 25 -s 640x480 movie.mpg
Isso pega as imagens img0.jpg , img1.jpg , img2.jpg ... e cria um vídeo com 25 quadros por segundo.