Você pode usar o comando apt-cache policy pcmanfm
em um terminal para vê-lo. Alternativamente, você também pode usar a GUI do PcManFM para vê-la. Vá até Menu → Ajuda → Sobre para ver a versão.
Como ainda outro método (como izx disse em um comentário), você pode usar dpkg -l pcmanfm
para ver o número da versão dele.