Não tenho certeza se isso foi resolvido, mas eu estava muito próximo do mesmo problema (com exceção de mim, o Unity também não iniciaria). O truque era excluir o xorg.conf:
sudo rm /etc/X11/xorg.conf
Em seguida, reinstale o xorg:
sudo apt-get install --reinstall libgl1-mesa-glx:i386 libgl1-mesa-glx:amd64 libgl1-mesa-dri:i386 libgl1-mesa-dri:amd64 xserver-xorg-core