Edite o arquivo /etc/gdm/gdm.schema e encontre a seção que se parece com isso:
<schema>
<key>greeter/Exclude</key>
<signature>s</signature>
<default>bin,root,daemon,adm,lp,sync,shutdown,halt,mail,news,uucp,operator,nobody,nobody4,noaccess,postgres,pvm,rpm,nfsnobody,pcap</default>
</schema>
E para excluir um usuário chamado qmail por exemplo, adicione o qmail à lista padrão para que a seção fique assim.
<schema>
<key>greeter/Exclude</key>
<signature>s</signature>
<default>qmail, bin,root,daemon,adm,lp,sync,shutdown,halt,mail,news,uucp,operator,nobody,nobody4,noaccess,postgres,pvm,rpm,nfsnobody,pcap</default>
</schema>
Isso impedirá que o qmail do usuário apareça no saudador do gdm. Costumava haver uma boa ferramenta GUI para fazer isso, mas ela não está no Ubuntu nos últimos lançamentos.
A outra alternativa é definir o UID do usuário para menos de 1000. Essas são consideradas contas do sistema que também são excluídas do indicador do GDM.