Como regra geral, esse sintoma é quase sempre um problema de driver ou de hardware.
O que está acontecendo é que algo ao longo da linha está tomando um valor de 64 bits e truncando-o para 32 bits. Isso resulta em uma queda de 2 TiB (2048 GiB) no tamanho aparente do disco, conforme relatado pela maioria dos utilitários de disco. As tentativas de acessar além da marca de 2 TiB tendem a "envolver-se" na frente do disco, resultando em leituras incorretas ou danos quando o disco é gravado. Assim, você deve NÃO tentar gravar no disco até que este problema seja resolvido!
Esse problema é comum em gabinetes de disco externos com firmware que usa campos de 32 bits para armazenar informações críticas do setor. Geralmente, é necessário substituir esses gabinetes se você quiser usar um disco com mais de 2 TB. Desde que você diz que o disco funciona bem no Windows, porém, isso provavelmente não é o problema. Uma exceção notável: se você preparou o disco no Windows como uma unidade interna e, desde então, o transferiu para um gabinete externo, poderá ver os sintomas relatados. A solução é substituir o gabinete por um capaz de lidar com discos com mais de 2 TB.
A outra causa comum desse sintoma é um problema de driver, mas os relatórios de problemas comuns nesse caso vêm de usuários do Windows. A pilha de discos USB do Linux suporta por muito tempo discos externos de mais de 2 TB (com firmware de 64 bits), e a pilha de drivers é idêntica para a maioria dos discos externos. Pode ser que haja um bug no kernel específico que você está usando, portanto, você pode tentar atualizar seu kernel (ou fazer downgrade dele para uma versão anterior, se você estiver usando a versão mais recente). Há também um punhado de drivers específicos de modelo no kernel, e eu não sei como eles funcionariam (ou deixariam de funcionar) com discos de mais de 2 TB.
Em qualquer um dos casos, outra solução possível é alterar as interfaces. Se o disco suportar USB e outra interface, como eSATA ou FireWire, você poderá tentar a outra interface. Isso pode ignorar qualquer bug que esteja causando o problema - mas você terá que ser muito cuidadoso para nunca usar a interface com bugs se você fizer dessa maneira!
Quanto ao TrueCrypt, não posso comentar sobre isso, já que não tenho experiência com essa tecnologia. (Edit: Se você instalou alguns drivers TrueCrypt no Linux, é concebível que eles são a fonte do problema e teriam que ser removidos ou atualizados para consertá-lo.)