Ele contém os únicos pacotes que eu instalei manualmente a partir de fontes ou com o aptitude?
Não, para mim são apenas coisas que eu não instalei nos repositórios do apt. Muitas bibliotecas do Python que eu instalei com pip . E alguns binários em /usr/local/bin/ (que ou symlink out para Python ou Doom 3 (que instala lá também aparentemente).
No meu caso, é tudo que eu reinstalaria em cerca de cinco segundos com pip como eu precisava ... Mas sugiro strongmente que você tenha uma visão geral do que está lá. Aqui estão os dois comandos que eu costumava olhar (você provavelmente pode usá-los em outro lugar):
ls -l /usr/local/bin
Isso mostra o que está à espreita no local bin e isso deve ser um bom indicador do que está instalado em /usr/local/ . Para mais profundidade eu usei:
find /usr/local -type d -maxdepth 4 | grep -v locale