Eu percebi isso! Você pode usar o xbindkeys para configurar seus próprios atalhos de teclado sem a necessidade do gnome-settings-daemon. Então, primeiro:
sudo apt-get install xbindkeys
E então você pode gerar um arquivo de configuração padrão:
xbindkeys --defaults > ~/.xbindkeysrc
Para dar um exemplo de algumas coisas que eu uso no meu .xbindkeysrc:
"amixer -q set Master 2- unmute"
XF86AudioLowerVolume
"amixer -q set Master 2+ unmute"
XF86AudioRaiseVolume
"amixer -q set Master toggle"
XF86AudioMute
"urxvt"
alt+Return
"lxpanelctl run"
alt+r
Em seguida, execute xbindkeys na inicialização e os atalhos de teclado personalizados funcionam.