Você também pode experimentar os programas de linha de comando script "pdfjoin" e "pdfnup" dos pacotes pdfjam.
No entanto, eu incluiria os PDFs em um documento LaTeX e deixaria o LaTeX se preocupar sobre como encaixá-los melhor em uma página.
Primeiro, você precisa instalar o LaTeX:
sudo apt-get install pdflatex
Em seguida, crie um arquivo "joined.tex" assim:
\documentclass[12pt]{article}
\usepackage{graphicx}
\begin{document}
\includegraphics[width=15cm]{file1.pdf}
\includegraphics[width=15cm]{file2.pdf}
\includegraphics[width=15cm]{file3.pdf}
% ...etc, for each of your pdf files
\end{document}
Finalmente, execute (em um terminal)
pdflatex joined.tex
Espero que você receba seu arquivo em joined.pdf