O problema foi com o pacote compiz usado pelo Unity 3D. O Unity 2D não exibe o problema. A partir de 14 de fevereiro de 2012, o problema foi corrigido. Se você puder atualizar para as versões corrigidas atuais a partir de uma janela de terminal, faça o seguinte:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Ou use o "Gerenciador de Atualizações" gráfico para instalar as versões mais recentes.
Você pode obter mais informações no site do Ubuntu em: Bug # 890947