Eu recomendaria o uso do compositor de metacity. É leve, eficaz e geralmente usado com o Unity-2D.
Para ativar o compositor de metacidades, acesse seu terminal e cole:
gconftool-2 -s '/apps/metacity/general/compositing_manager' --type bool true
Para desativar:
gconftool-2 -s '/apps/metacity/general/compositing_manager' --type bool false
Você pode ter que sair e fazer login novamente para ver a diferença. Espero que isso ajude!
Para tornar o processo acima mais fácil, o mais recente Ubuntu Tweak (0.7.1) agora pode ativar e ajustar as configurações do compositor de metacidades.
Veja este artigo para mais informações. link