Sim, o Ubuntu pode fazer essa tarefa. Tenho certeza de que existem vários aplicativos que permitirão que você faça "chamadas" para outro computador.
Meu favorito pessoal é o sflphone, um cliente de telefone ip. Tem uma função ip to ip call que faz exatamente o que você quer.
Ele também permite que você ligue para telefones reais se você tiver uma conta em um provedor de telefonia ip local e configurar seu sflphone para usá-lo.
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