Remova o GRUB ( sudo apt-get purge grub-pc ) de todas as instalações do Ubuntu, exceto uma (recomendo 11.10 ou 32/64 bits). Desta forma, quando uma das suas instalações do Ubuntu executar uma atualização do kernel / grub, ela não se sobrepõe à configuração do outro.
Além disso, verifique se você tem grub-pc versão 1.99+ instalado ( apt-cache show grub-pc ).
Depois de seguir as etapas acima, execute sudo update-grub para permitir que o GRUB detecte todos os seus sistemas operacionais.