Por padrão, o Windows só pode ler a primeira partição de uma unidade flash.
Para que a sua partição 'windows' seja visível a partir do Windows, deve ser a primeira partição na sua unidade flash. Você deve formatá-lo como FAT32 para compatibilidade máxima com máquinas Windows e Mac. Primária está bem.
Dessa forma, o Windows não verá suas partições do Linux, mas lerá e gravará dados com prazer na partição 'windows'.
Depois, você pode criar sua partição root do Ubuntu ("/"), sua partição swap e (se desejar) sua partição '/ home'. Essas são as partições padrão para uma instalação Linux bem comportada. *
* Alguns diriam que uma partição "/ boot", "/ var" ou "/ other" separada é desejável. Eu pessoalmente nunca vi a vantagem disso, mas no final acho que tudo se resume a preferência pessoal.