Já tentou sair e voltar? Você não precisa definir essas variáveis de ambiente. O caminho /usr/local/share
está incluído em XDG_DATA_DIRS por padrão.
A mensagem de aviso provavelmente veio como resultado da sua instalação como usuário root, em vez do usuário normal. Você provavelmente deve simplesmente ignorá-lo, e deve ser capaz de rodar o view3dscene bem como seu usuário normal, se você o instalou corretamente.