Eu fiz um teste rápido com o Ubuntu 11.10 32bit no meu laptop de reserva (Toshiba Tecra A8). Esta máquina foi atualizada há cerca de 8 horas com todas as atualizações (incluindo a proposta onírica).
Assim como você indica, quando o Tomboy está rodando, se eu for para "Logout", ele parece iniciar, mas "trava" com o fechamento da Unity, mas as janelas de todos os aplicativos abertos permanecem abertos, mas perdem a decoração. Obrigado por perceber isso como a minha máquina principal ainda não está rodando Oneiric e eu confio em tomboy!
ATUALIZAÇÃO: como outro usuário na barra de ativação indica, o logout ainda é possível, mas leva até um minuto depois que o Unity desaparece e todas as janelas perdem sua decoração antes do logout. O login subseqüente parece ter alguns problemas aleatórios. Acabei reiniciando antes de ter a funcionalidade completa de volta (mas novamente a máquina "fez" logout).