Não tenho certeza sobre o Clementine, pois não o uso. No entanto, acredito que é baseado no Amarok 1.4, que o IIRC não tinha suporte nativo a ipod.
sugere que você pode copiar os arquivos para o ipod, o que significa que o ipod deve ver e reproduzi-los. Lembre-se de que, quando você copia arquivos para o ipod, é necessário salvar, caso contrário, o banco de dados do ipod não será atualizado e, portanto, os novos arquivos não serão vistos. Além disso, talvez seja necessário instalar o libgpod para fornecer a funcionalidade de que você precisa.
Na minha experiência Se você simplesmente quer gerenciar seu Ipod, então eu posso confirmar que o gtkpod é especificamente projetado para essa finalidade e funciona muito bem com meu 80Gb Ipod classic. O Amarok 2 também funciona bem.
Espero que isso ajude