Eu acredito que o problema é que você está tomando 'sudo' na caixa local e não no servidor remoto. Eu não verifiquei isso, mas uma estrutura como a seguinte deve funcionar:
rsync -R -avz -e ssh --rsync-path="echo mypassword | \
sudo rsync" /media/backup1/ubuntubackup ubuntu@*******:/ /media/backup1/ubuntubackup