Tente o seguinte:
wmctrl -xF -R nautilus.Nautilus
Explicação das opções:
- x: interpreta o Windows especificado como o nome WM_CLASS.
- F: Modifica o comportamento do algoritmo de correspondência de títulos da janela. Ele corresponderá somente ao título da janela inteira em vez de uma substring, quando essa opção for usada. Além disso, faz com que o case seja sensível.
Para obter uma lista de janelas e valores WM_CLASS disponíveis, você pode usar: wmctrl -lx