Esse é um comportamento intencional: o empacotamento não deve modificar o conteúdo do tarball distribuído a montante, exceto de maneira roteirizada.
Se você precisar remover o arquivo por motivos de licenciamento, precisará modificar o orig.tar.gz diretamente e usá-lo como base para sua embalagem. Neste caso, é comum renomear o tarball upstream de, e. "program-1.2.3.tgz" para "program-1.2.3 + ds.orig.tar.gz", com o "ds" indicando que a fonte original foi modificada para empacotamento.
Se não for necessário remover o arquivo, mas preferir que ele seja removido de modo que a construção seja concluída com êxito, recomenda-se removê-lo na regra clean: em debian / rules. Se estiver usando o debhelper, isto é mais facilmente alcançado usando dh_clean adicionando o caminho relativo do arquivo ao debian / clean. A manpage dh_clean (1) tem mais informações sobre esta ferramenta.