Primeiro, isso é um problema de segurança.
Aqui está um bom artigo de revisão:
Basicamente, os servidores ssh (openssh-server) usam chaves para se identificar e impedir que outras pessoas os imitem. Um "homem no meio" pode, por exemplo, capturar seu nome de usuário e senha.
Você pode corrigi-lo através de vários métodos, eu prefiro
ssh-keygen -R server
Antes de fazer isso, no entanto, você deve verificar com o administrador do sistema do servidor para ver se as chaves (do servidor) foram alteradas.
Para o seu erro de scp, você precisa usar o caminho completo. Meu palpite seria:
scp myfile user@server:/home/user_name/Folder