Para que um aplicativo use o menu global, a variável de ambiente $ UBUNTU_MENUPROXY precisa ser definida para o nome da biblioteca menuproxy a ser usada. Por razões de segurança, esta variável é limpa ao usar o sudo, etc. para executar um programa como root.
Como um efeito colateral, isso indica quais programas são executados como root, caso contrário, nem sempre é claro que os itens no menu global pertencem a um programa em execução como root.
Como essas são boas razões para o comportamento atual, não espero que seja alterado.