A ferramenta nvidia nvidia-settings pode ser usada a partir da linha de comando, mas não é capaz de ativar ou desativar telas. O xrandr não é suportado pelos proprietários da NVIDIA.
Para trocar displays você pode usar a ferramenta disper: disper no launchpad É uma ferramenta de linha de comando, que se encaixa exatamente no seu problema e é fácil para usar.
Alguns exemplos de scripts para troca automática na inicialização podem ser encontrados aqui: wiki do Ubuntuusers.de
Eu uso esses scripts para alternar meus monitores. Isso funciona perfeitamente.