Bem, eu acho .gnome2 e .gnome2_private e similares. No entanto, se eu fosse você, criaria um novo usuário (com home vazio) para fazer login no gnome. Então você pode verificar a casa do novo usuário e você verá claramente que tipo de diretórios são criados para que você saiba o que você precisa copiar.
A propósito, é uma situação um pouco estranha: você disse que usou o XFCE naquele compartilhamento montado pelo NFS e nenhum gnome (?). Então o gnome deve criar diretórios na primeira vez. Tem certeza de que você (como o usuário, quero dizer, incluindo o gnome) pode escrever para o NFS / home montado? Não é possível que você tenha usado com uid / gid diferente com gentoo e / ou política de mapeamento uid diferente com exportação e / ou montagem NFS?