Parece que a unidade pode ter sido quebrada na atualização. Você pode tentar corrigi-lo abrindo um terminal e digitando:
unity --reset
Se isso não funcionar, adicione a saída desse comando à sua pergunta.
Também pode valer a pena desinstalar o pacote nautilus-open-terminal se você o instalou - isso causou falhas no compiz ( bug no launchpad ) que pode levar a seus problemas. A correção está atualmente no repositório onirico, e deve estar disponível em breve, mas ainda não.
Como alternativa, esta resposta sugere:
Encontrei a solução alternativa aqui :
sudo rm /usr/share/GConf/gsettings/pythonconsole.convert gsettings-data-convert gnome-settings-daemon
Então, para resolver definitivamente a cada login, eu tive que criar um lançador para gnome-settings-daemon na minha pasta pessoal e adicioná-lo à minha inicialização aplicações.