Inicialize no Ubuntu usando o Live CD, a partir daí use o Gparted para particionar qualquer disco, depois instale o Ubuntu do CD, eu estava na mesma situação que você e nada de ruim aconteceu.
Outra opção é fazer backup de tudo na instalação do Wubi usando o Ubuntu One, depois destruir o Wubi e usar uma nova instalação do Ubuntu e tudo que você precisa ainda está lá.