Isso parece uma grande bagunça. Talvez você deva simplesmente reinstalar.
Mas há outras coisas que você pode tentar:
-
/var/log/dpkg.log
informa quais pacotes foram instalados recentemente; talvez você possa usar isso para desfazer algumas ações. -
Eu certamente começaria removendo todos os PPAs e pacotes relevantes instalados a partir deles.
-
dpkg -l libgtk\*
dirá quais bibliotecas 3.0 estão instaladas; possivelmente retirandolibgtk-3-0
e coisas relacionadas, você pode forçar a remoção de "gnome 3". -
strace -e trace=open nautilus
mostrar-lhe-á quais bibliotecas está a utilizar e que poderá dar uma ideia do pacote que está a causar o problema. -
A execução de
synaptic
e a análise da seção local / obsoleta podem ajudá-lo a encontrar pacotes que não estão no sistema operacional básico e devem ser removidos.