Para responder à sua pergunta para futuros leitores:
Você deseja usar o programa xsetwacom e colocá-lo em seu arquivo .xinitrc na sua pasta pessoal. A configuração que você deseja usar é chamada de "caneta" e o valor deve ser definido como "Área". Assim:
xsetwacom set stylus Area 0 0 1024 768
xsetwacom set eraser Area 0 0 1024 768
Por exemplo, definirá a área na qual o dispositivo da caneta funciona dentro dessas coordenadas. Você também pode estar interessado na configuração não absoluta que permite uma maneira diferente de trabalhar com a caneta.