Eu tenho o mesmo problema (resolução diferente no meu caso: 1366x768);
A solução foi editar o seguinte arquivo: ~/.local/share/Cogs/cogs.ini
(você pode ver as origens do Windows deste jogo a partir do arquivo e do caminho);
Jogue com as configurações lá - eu definiria a resolução como 0, e todos os efeitos visuais no mínimo para executá-la - então você sempre pode abrir a janela de configurações e alterá-las para algo melhor.
O arquivo minimalista é assim:
VolumeMusic 0.044484
VolumeEffects 0.750000
EnableShadows false
EnableFilters false
Fullscreen false
IntervalImmediate true
Resolution 0
WindowPosX 0
WindowPosY 0
Antialiasing 0
Language english